안녕하세요! 현직 세무 실무자가 전해드리는 ‘슬기로운 세금생활’의 김실장입니다.
오늘 한 거래처 대표님과 통화하다 안타까운 사연을 들었습니다. 사업장 건물이 경매로 넘어가는 바람에 임대인과 연락은 끊겼고, 판결 결과에 따라 매월 내야 할 임대료가 보증금에서 차감되고 있다는 소식이었는데요.
대표님께서 가장 답답해하신 부분은 바로 이것이었습니다. "김실장님, 생돈 같은 임대료는 계속 나가는데, 세금계산서를 못 받으니 부가세 공제도 못 받는 건가요?"
피 같은 내 돈은 계속 나가는데 세택스 혜택까지 못 챙긴다면 너무 억울하겠죠? 오늘은 이런 절망적인 상황에서도 부가세를 공제받을 수 있는 '현실적인 해결책'을 김실장이 명쾌하게 짚어드리겠습니다.
1. 세입자가 임대인 대신 세금계산서를 직접 발행한다고요?
보통 세금계산서는 물건이나 서비스를 판 '공급자'가 발행하는 것이 원칙입니다. 하지만 임대인이 발행을 거부하거나, 이번 사례처럼 연락이 두절되어 발급이 불가능한 상황이라면 세입자 입장에선 정말 막막하죠.
이런 억울한 상황을 방지하기 위해 우리 세법에는 ‘매입자발행 세금계산서’라는 제도가 마련되어 있습니다. 상대방이 끊어주지 않는다면, 일정한 요건을 갖춰 내가 직접 발행하고 매입세액 공제까지 받을 수 있는 ‘비상구’ 같은 제도입니다.
2. 어떤 경우에 '매입자발행 세금계산서'를 발행 할 수 있나요?
아무 때나 발행할 수 있는 건 아니겠죠? 국세청에서 인정하는 세 가지 필수 요건을 꼭 확인해야 합니다.
- 첫째, 공급자(ex,임대인)의 자격 확인 상대방이 부가가치세법상 일반과세자이거나, 세금계산서 발급 의무가 있는 간이과세자(직전 연도 매출 4,800만 원 이상)여야 합니다.
- ※ 면세사업자나 영수증만 발급 가능한 영세 간이과세자는 대상이 아닙니다.
- 둘째, 최소 거래 금액 기준 모든 자잘한 거래를 다 해줄 수는 없기에 금액 제한이 있습니다. 거래 건당 공급대가(부가세 포함 금액)가 5만 원 이상인 경우에만 신청이 가능합니다.
- 셋째, 신청 기한 준수 (가장 중요! ⭐) 가장 많이 놓치시는 부분입니다. 재화나 용역을 공급받은 날(임차료 지급일 등)이 속하는 과세기간 종료일로부터 1년 이내에 신청해야 합니다.
- 예시: 2025년 상반기(1~6월) 임대료 분 → 2026년 6월 30일까지 신청 가능
- Tip: 원래는 6개월이었으나, 납세자 권익 보호를 위해 1년으로 확대되었습니다. 옛날 정보만 믿고 포기하시면 안 됩니다!
3. 그럼 구체적으로 어떻게 신청해야 하죠?
신청은 생각보다 어렵지 않습니다. 관할 세무서에 직접 방문하셔도 되지만, 바쁜 사장님들을 위해 홈택스를 이용한 비대면 신청 방법을 추천드려요.
✅ 준비물 (증빙 서류 리스트)
서류가 부실하면 세무서에서 거래 사실 확인이 어려워 기각될 수 있습니다. 다음 서류들을 미리 스캔해 두세요.
- 거래사실 확인 신청서 (홈택스 서식 활용)
- 계약서 사본 (계약 사실 증명)
- 지급 증빙: 대금을 이체했던 통장 거래 내역 (정기적인 거래가 있었음을 입증)
- 거부 증빙: 공급자에게 발행을 요청을 하고 거부당했거나 연락이 닿지 않는 문자·카톡 캡처나 우체국 내용증명 등
✅ 홈택스 신청 경로
- 홈택스 접속 및 로그인 (공동인증서/간편인증)
- 상단 메뉴: [상담·불복·고충·제보·기타] 클릭
- 세부 메뉴: [사업자 제보] → [매입자발행 세금계산서 발행 신청] 선택
- 내용 입력: 공급자 정보, 거래 일자, 금액 등을 꼼꼼히 작성하고 준비한 서류를 첨부합니다.
✅ 신청 후 처리 과정
- 서류 제출: 세무서에서 신청서 접수
- 사실 확인: 신청인 주소지 관할 세무서장이 임대인 주소지 세무서장에게 거래 사실 확인 요청
- 결과 통보: 거래 사실이 확인되면 세무서에서 신청인(임차인)에게 통보
- 발급 및 신고: 통보받은 내역을 바탕으로 매입자발행 세금계산서를 발급하고 부가세 신고 시 매입세액으로 공제!
💡 김실장의 Tips!
이번 상담 사례처럼 "임대료가 보증금에서 차감되는 경우"에는 실제 돈이 오가지 않아 증빙이 어렵다고 생각하시는데요. 판결문이나 합의서, 혹은 보증금 잔액 현황 등을 통해 임대료가 정당하게 발생했다는 사실만 입증하면 가능합니다.
저도 "임차료가 보증금에서 차감되고 있다."는 판결결과를 근거로 필요서류를 준비하여 세무서에 제출한 상태이며, 담당 조사관님께 내용을 충분히 설명드렸습니다. 담당조사관님께서도 설명드린 내용이 실제인지 서류를 통해 검토 한 후 승인하시겠다는 긍정적인 답변을 주셨는데요.
"이미 보증금에서 다 까였는데 이제 와서 되겠어?"라고 포기하지 마세요. 임대료가 보증금에서 차감되는 것도 엄연한 '대가의 지급' 입니다. 아직 신청기한이 남아있다면 서둘러 신청하시길 바라겠습니다.

오늘 정보가 도움이 되셨나요? 위기에 처한 대표님들께 이 글이 작은 희망이 되었으면 좋겠습니다. 도움이 되셨다면 공감과 댓글 부탁드려요!
어려운 세금, 김실장과 함께라면 쉬워집니다.
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